攻殻機動隊SAC 2nd GIGを時系列に整理

攻殻機動隊 STAND ALONE COMPLEX 2nd GIGでは個別の十一人事件に端を発する難民問題が描かれます。
話は意外に単純で、難民を排斥するために官房長官と内庁が画策しているだけですが、時系列にまとめておきます。
時系列で見ることで解説までは不要かと思います。

攻殻機動隊SAC 2nd GIGの時系列

1. 少佐とクゼが飛行機事故に遭い、病院で出会う
2. クゼがPKFとして半島に派兵される
3. PKF先からクゼが失踪しユーラシアを放浪
4. 中国人大使館人質事件
5. 自衛軍ヘリ暴走事故
6. ゴーダが個別の十一人ウィルスをネット上に拡散
7. クゼによる茅葺暗殺未遂事件
8. 新宿原発プルトニウム移送
9. 個別の十一人によるテロ頻発
10. 討論番組の土橋の発言にて「個別の十一人」マークのことが世間に知れる
11. 個別主義者を狙った難民による自爆テロ頻発
12. 少佐がデカトンケイルのゴーダの疑似人格にアクセスし、ゴーダの目的が難民の蜂起による自治区の確立であると予想する
13. 個別の十一人としてのテロを行ったカワシマの外部記憶を9課が捜査し、個別の十一人ウィルスは単体では発症せず、パトリック・シルベストルの評論文をすべて読んでいることが発症因子だと推察する
14. 九州電波塔集団自決事件
15. クゼが長崎の難民居住区に渡り、ハブ電脳として機能し始めたことで、全国の難民居住区から長崎の難民居住区へ難民が集結し始める
16. 9課が茅葺から高倉官房長官とポセイドン・インドストリアルとの癒着疑惑を知らされる
17. クゼが福岡大停電テロ方法の拡散と、難民がテロを起こす可能性を流布
18. 出島から自治区宣言
19. 警察による出島封鎖
20. 高倉官房長官とポセイドン・インドストリアルの間の癒着がないことを確認
21. 出島の港を9課が強襲するもクゼは不在
22. 択捉にてロシアからクゼへプルトニウム受け渡し
23. 9課のティルトが破壊される
24. 出島へのプルトニウム移送中のクゼの偽装船が海保に撃沈される
25. 長崎大停電テロ
26. 九州電波塔爆弾事件
27. 国民の不満の矛先が難民に向き、政府は難民排斥の後ろ盾を得る
28. 茅葺による国連核査察の手配
29. 自衛軍への出動指示
30. 自衛軍による出島封鎖
31. 9課がプルトニウムを持って出島へ移動開始
32. 少佐がクゼに出島へプルトニウムを持っていくことを伝える
33. ゴーダの指示で出島における通信妨害開始
34. 橋にて難民と自衛軍で小競り合い発生
35. 出島に通じる橋を難民が爆破
36. 内庁の情報操作により、難民が出島で核を使って自爆する噂が流れる
37. 出島の武装拠点攻撃のため、自衛軍の攻撃ヘリが出島へ進行
38. 茅葺が非公式に更迭される
39. 陸自の特殊部隊（レンジャー4課）が極秘裏にプルトニウム回収しに出島へ出動
40. 9課のヘリが被撃墜
41. レンジャー4課が到着しバトーらの追跡を開始
42. 出島近辺の艦船が退避し、同時に日本の奇跡散布開始
43. 米帝の原潜を200海里内に確認
44. 通信妨害していた哨戒機をクゼが撃墜し通信が回復
45. 米帝の原潜が核ミサイルの発射準備を開始
46. ゴーダが自首による無罪を得るため、本件の内容の報告書を警察庁へ送付
47. 自衛軍から出島への艦砲射撃開始
48. 米帝の原潜が核ミサイルの発射準備を完了
49. バトーらがレンジャー4課を説得し合流、橋へ向かう
50. 少佐の指示でタチコマたちが身体を失った難民の記憶とゴーストを転送できるスペースの確保を始める
51. 茅葺が米帝に連絡を取ろうとするも拒否される
52. 茅葺が航空自衛軍に連絡を取る
53. タチコマが少佐の命令を無視し、衛星を使って核ミサイルへの弾幕を展開
54. 核ミサイルが発射されるも弾幕により防御
55. 9課が高倉官房長官を拘束
56. 航空自衛軍の威嚇行動（意思表示）により米帝の核攻撃は中止
57. 9課がゴーダを拘束しようとするも拒否されたため殺害
58. 米帝の関与が判明
59. クゼ殺害
60. 難民問題は振り出しに
61. 少佐失踪

草迷宮で語られた過去は曖昧にされている

11話「草迷宮 affection」でクゼと少佐の過去らしきものが語られます。
終盤のクゼと少佐の会話からも二人であることはほぼ確定ですが、明言は避けられています。
攻殻機動隊の原作では少佐の過去はハッキリとしていませんから、原作を尊重しているのかなと想像します。

択捉では実際にはプルトニウムは引き渡されていない

択捉ではクゼがプルトニウムが入ったケースを受け取りますが、実際にはプルトニウムは入っておらず、クゼはプルトニウムを入手できていません。
しかしクゼは有利に話を運ぶため、プルトニウムを入手したことにします。

長崎大停電テロは内庁が仕掛けた可能性が高い

大停電テロの方法を難民は知っていました。
しかし実行するのは難しいため、内庁が実行したものと9課は判断しています。

九州電波塔爆弾事件は表向きは不発弾処理

九州電波塔爆弾事件は難民によるテロという設定で内庁が仕組んだものですが、世間的には不発弾として公表されています。